民間の無人潜水艦は、主に沈没船や海底資源、深海の海洋生物などの探査に使われる。操作は自動で行うことはほとんどなく、もっぱら人が遠隔操作する。
深海においては、水温が数℃と極低温であり途轍もない水圧もかかるために、人間が行くのはかなりのリスクを生じる。何日間も減圧室で身体を慣らしてから行く必要があり、潜水服も高価で技術も要する。また減圧症や窒素酔い（高圧によって血液中に溶けた窒素が、十分な時間をかけずに減圧することで血液中に気泡となって現れ、酒に酔ったような症状を示すもの。さらに急激に減圧すると気泡が多く現れて死亡する危険もある）の危険もある。
そのために無人潜水艦にカメラを取り付けて沈没船や海底を調査させたり、海底生物や堆積土のサンプルを持ち帰ったりするのに使われる。あるいは有人の海底探査を行う際の事前調査にも使われる。
現在、多くの国の研究機関がこういった無人潜水艇を所有している。海底ケーブルの点検にも用いられるよう、開発が進みつつある。
また、海洋の無人巡回探査などを目的として海洋研究開発機構が完全自立巡航を行う無人潜水艦うらしまの研究開発を行っている。長時間の活動を支える為に閉サイクルディーゼルエンジンや燃料電池が用いられる。
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